A folyószabályozások valójában nem csak előnyöket eredményeztek, mint például a pusztító árvizektől való védelem és a rengeteg felszabadult termőföld, hanem hosszú távon számos káros hatással is jártak. Az egyik legjelentősebb káros hatást, a folyómeder süllyedését a kanyarulatok átvágása váltotta ki. A szabályozások előtt a Tisza számtalan kanyarral rendelkezett, ami rendkívül lassú folyású folyóvá tette. A lassú sodrás miatt a meder inkább szétterült, így volt ideje lerakni a hordalékot. A kanyarok átvágásával viszont a sodrás olyannyira felgyorsult, hogy a víz egyre mélyebb folyómedret kezdett el vágni magának. Igaz, hogy így az árvizek is gyorsabban elhaladtak, viszont az átlagos vízállás is kisebb lett és a folyómenti területek talajvízszintje is jelentősen lecsökkent, fokozva az aszályok kialakulásának lehetőségét.
Napjainkra a meder olyan mélyre került az elmúlt 150 év során, hogy nagyon jelentős változást idézett elő a környező területek talajvízszintjében. Minden kisebb vízfolyás a nagyobb folyók felé tart, ezért van az, hogy a Tisza medrének mélyebbre kerülése a beleömlő kisebb folyók és patakok folyását is felgyorsította, egyfajta szívóhatást eredményezve. Ez a szívóhatás azonban a felszín alatti vizeket is érinti, ezért a szabályozott folyók mentén egy általános talajvíz-csökkenés is történt. A Duna-Tisza közében például 10 métert csökkent, ami a növényzet kiszáradását és a terület elsivatagosodását eredményezte. Ez a hatás azonban a Tisza más részein is egyre inkább érezhetővé válik, ami az éghajlat egyre melegebbé válásával egyre gyakoribb és egyre fokozódó aszályokat fog eredményezni, melyet az egyre mélyebbre kerülő folyómeder okozta vízelszívó hatás csak még inkább súlyosbít. Ezt a káros folyamatot bizonyítja az elmúlt két évtized vízállásainak változása is. Míg 2000-ben az évi legmagasabb vízszint Tiszalök-felsőnél 831 cm volt, 2010-ben pedig 742 cm, addig 2020-ban szélsőségesen alacsonyszintet, 482 cm-t figyeltek meg. A vízállások fokozatos csökkenését persze nagyban befolyásolják a globális felmelegedésből adódó egyre magasabb átlaghőmérsékletek is.
Megoldási lehetőségek a káros hatások kiküszöbölésére: