Napjainkban nagy gondot jelent a felszíni vizeink emberi tevékenységekből származó szennyezése. Ez egyrészt veszélyt jelent a víztől szorosan függő élőlényekre (pl. halak, kétéltűek, vízimadarak, rovarok – tiszavirág). Vannak különösen érzékeny fajok is, melyek a vízminőség romlásának eredményeként végleg eltűnhetnek a folyóból. A vízszennyezés magára az emberre is veszélyt jelent, hiszen az édesvízkincs minőségének romlásával az ivóvízként és öntözővízként felhasználható vízmennyiség kerül veszélybe. Emellett a vízparti kikapcsolódás élménye is csökkenhet, legrosszabb esetben pedig az emberi egészséget is veszélyeztetheti.

A szennyezés történhet folyékony formában: ebben az esetben elsősorban az intenzív mezőgazdasági termelés során kijuttatott vegyszerek (növényvédőszerek, műtrágyák) csapadék által történő bemosódása történik a talajba, majd a talajvízzel a folyóba. Ezen kívül veszélyt jelenthet még a szennyvíz nem megfelelő tisztítása majd az élővízbe való visszaengedése. Szélsőséges esetben ipari szennyezés is előfordulhat, mint ahogyan történt az 2000-ben, amikor is egy ipari baleset során nagy mennyiségű cianid- és nehézfémtartalmú szennyvíz jutott a Tiszába, szinte teljesen kipusztítva a folyó élővilágát.

A szennyezés történhet szilárd formában is: ez általában a nehezen lebomló, a természetre káros műanyag flakonokat jelenti. Ez a fajta szennyezés általában az árhullámok során megemelkedett folyóvízszint következtében a folyópartról mosódik bele a vízbe. Ezután a víz hátán elindul a folyón lefelé, majd az árhullám levonultával a lerakódik az ártérben.